Tischzentrifugen zeichnen sich prinzipiell durch Ihre geringe Größe und dem damit verbundenen minimalen Platzbedarf, einfacher Bedienung sowie hoher Flexibilität und Robustheit bei der Anwendung aus. Im medizinischen Bereich werden Tischzentrifugen bei verschiedensten Arbeiten verwendet. Häufige Anwendungsgebiete sind vor allem das Arbeiten mit DNA, die Abtrennung von diversen Protein-Niederschlägen, sowie die Zentrifugation von Zellmateralien. Natürlich finden die Zentrifugen auch Verwendung bei der Abtrennung von Blut und/oder Blutbestandteilen oder deren Behandlung.

Als Beispiel sei hier die Abtrennung von Lymphozyten aus dem Vollblut genannt. Dabei wird mittels eines speziellen Verfahrens in dem Zentrifugenröhrchen via verschiedenen Fritten und Reagenzien eine Anreicherung bzw. eine klare Trennung der Komponenten erreicht. Es erfolgt hierbei einerseits eine Abtrennung im Form von Ablagerungen am Boden des Zentrifugengefäßes und andererseits einer Anreicherung anderer Zellen wie z.B.: der Lymphozyten in den vorgelegten Reagenzien. Diese Verfahren zur Zellgewinnung sind zumeist in vielen Einzelschritten durchzuführen und stellen recht aufwendige, mehrstufige Verfahren dar. Jedoch auch bei anderen Körperflüssigkeiten, wie dem Harn wird Zentrifugation angewendet. Hier kann mit einem vergleichsweise einfachen Verfahren die Untersuchung von Harn auf Harnsteinkristallen mit der Zentrifuge bewerkstelligt werden. Die Tischzentrifuge kann generell mit verschiedensten Reaktionsgefäßen und Platten (Well-plates, PCR-Platten) befüllt und bedient werden. Die Hersteller der Zentrifugen stellen dazu mit den modernen, am Markt erhältlichen Geräten unterschiedliche Rotoren, die die Probengefäße aufnehmen, zur Verfügung.

Ein weiteres wichtiges technisches Merkmal zur Unterscheidung der Qualität der Zentrifugen stellt die Drehzahl dar. Die vielfältigen Verfahren und Anwendungen benötigen teilweise extrem differierende Drehzahlen zum Erreichen der benötigten Trennung.